Pemotong kertas relatif mudah dioperasikan dan memiliki persyaratan lingkungan yang rendah. Mereka biasanya dapat dioperasikan dari catu daya kantor standar. Kebanyakan pemotong kertas memiliki sistem hidup/mati otomatis; cukup masukkan kertas ke dalam masukan, dan pemotong akan secara otomatis memutar dan merobek kertas. Beberapa pemotong kertas memerlukan penekanan tombol start, yang kemudian akan mengaktifkan pemotong dan memungkinkannya melanjutkan pemotongan. Setelah merobek-robek, tekan tombol stop/reverse untuk menghentikan pemotong.
Sebelum merobek-robek, periksa dokumen apakah ada benda keras seperti klip kertas atau staples. Jika ditemukan, keluarkan sebelum memasukkan kertas ke dalam slot penyaluran, karena dapat merusak bilah kertas. Saat menggunakan pemotong kertas, hindari memasukkan terlalu banyak kertas sekaligus, terutama kertas-berkualitas tinggi, untuk mencegah kemacetan kertas. Saat memasukkan kertas, jangan memiringkannya, dan letakkan lembaran kertas yang lebih sempit di tengah slot pengumpan.
Untuk model lama, jika terjadi kemacetan kertas, tekan tombol mundur atau berhenti untuk melanjutkan pemotongan. Kebanyakan pemotong kertas dilengkapi dengan perangkat pelindung beban berlebih yang mati secara otomatis ketika motor terlalu panas akibat beban berlebih. Dalam hal ini, mesin harus dihentikan selama 20-30 menit agar motor menjadi dingin. Saat menggunakannya kembali, pertimbangkan untuk mengurangi jumlah kertas yang dimasukkan. Pemotong kertas yang lebih canggih akan secara otomatis menghentikan dan mengeluarkan kertas ketika kelebihan beban, sehingga lebih nyaman digunakan. Beberapa mesin bahkan akan mengeluarkan suara saat mesin sudah penuh untuk mengingatkan pengguna agar mengeluarkan sisa kertas.
